Surface Science Lab
本實驗小組的研究著力於超高真空、單晶材料表面、有機催化反應機制研究,及開發以掃描探針技術研究表面生物分子反應,如DNA雜化(hybridization)等。金屬表面的研究聚焦在銅、銀、金三類,探討了含氧與含氮官能基分子環化(cyclization)、重組(rearrangement)及縮合(condensation)等表面反應機構。掃描探針技術的研究則成功以原子力顯微鏡作為nanolithography工具在金表面製作500nm x 500nm的髮夾型DNA/LNA分子探針點,並in-situ藉AFM成像展示探針與互補DNA標靶分子雜化前後,因loop部分被打開,DNA伸展出現的自組裝膜厚變化,針對與單一錯配鹼基及完全互補標靶分子作此種分子構型變化的比較,發現兩者有相當清楚的區分,而達三倍的分辨效果,有潛力作為Single Nucleotide Polymorphism(SNP)的應用。
研究成果概述如下:
( 1 ) 碳烯(carbene)是極不穩定的分子,化學家僅能透過特殊如基質隔離方法才能捕捉到這類活性中間體並配合光譜技術確認其存在。發想自多核有機金屬錯合物的概念,利用碳烯作為配基與表面金屬原子形成亞穩定的類碳烯(carbenoid),這樣的有機分子-金屬表面系統十分有利於釐清包括碳烯吸附結構、鍵結模式、後續反應中間體演化,乃至終產物的決定。我們試圖將低溫100 K冷凝吸附在銀單晶上的a-重氮乙酸甲酯前驅物分子,經照射波長365 nm紫外光,光解消去一分子的N2並生成表面酯碳烯(ester carbene)中間體。藉靈敏的表面反射式紅外光譜,配合密度泛函理論計算指認出目標分子的特徵振動,而獲得穩定可辨識單分子層級的碳烯存活證據。有趣的是酯碳烯經加熱,唯獨形成”順式”酯碳烯二聚體即馬來酸二甲酯,而順式與反式化合物因其截然不同的質譜碎裂模式,可由熱脫附質譜明確證實。a-重氮羰基化合物在有機化學中所論及的沃爾夫重排(Wolff rearrangement)反應在銀表面上並未發生,兩相鄰且排齊的酯碳烯與表面銀原子推測是先形成了順式與反式金屬雜環(metallacyle)中間體,立障較小的反式中間體因過於穩定反而不利形成反式富馬酸二甲酯產物。如此獨特的化學選擇性及立體位向選擇性體現出二維表面與三維液相反應的差異,並引申與化學修飾、表面催化等領域相關的應用。此成果已發表於2022年 J. Phys. Chem. C。
( 2 ) 由於傳統的溶液化學在構建新穎奈米材料方面有諸多的限制,難以達到預期目標(如:不夠潔淨、不夠精準的邊角結構等),科學家們開始嘗試表面合成法(on-surface synthesis),為由下而上(bottom-up)精準製備穩定共價鍵結的分子骨架提供了有效的路徑。此方法是在超高真空環境且具原子級精確結構的表面上實現反應物分子的化學鍵形成反應,成功的案例有Ullmann偶合、Sonogashira偶合和azide-alkyne環加成等著名有機反應。我們是運用365或405 nm的發光二極體光源照射吸附於銅(100)單晶表面的芳基疊氮(N3Ar)成功實現以光化學反應達成有選擇性地N=N雙鍵偶合而形成偶氮芳烴(ArN=NAr),此項工作不僅跨越C-C與C-N共價單鍵偶合的範疇而將on-surface synthesis的選單更為擴充,同時被限制在二維表面的終產物偶氮芳烴,若利用其順式-反式異構化特性,則可施加適當的外來刺激控制產生出分子開關的效果。結果已發表於Journal of Physical Chemistry 2019年之Hai-Lung Dai Festschrift。
( 3 ) Graphene(石墨烯,簡稱GR)被視為一種“神物質”,啟自十年前的“graphene rush”,如同淘金熱般的研究風潮迄今不衰。石墨烯內在的的零能隙電子結構與天生的化學惰性及低水相溶解度限縮它的應用範圍,於是有不少化學家致力於以共價鍵結方式修飾石墨烯,來改善或操控其物理化學性質。受到北大劉忠範與哥倫比亞大學Brus使用過氧化物分子光解產生之自由基與石墨烯的碳原子進行加成反應之相關文獻啟發,我們選用tert-butyl peroxybenzoate (分子式(CH3)3C-O-O-C(=O)C6H5,簡稱TBPB)為自由基前驅物,以波長365 nm UV發光二極體LED為光源,於超高真空環境照射200 K冷凝吸附在單層石墨烯(由陳軍互教授負責製備)上的TBPB一小時,原位反射式紅外光譜顯示O-O與C=O特徵振動訊號消失,暗示分子發生均裂(homolysis)及脫羧(decarboxylation)釋出CO2,使我們同時捕捉並鑑定到(CH3)3CO・與 ・C6H5兩自由基。經逐步加熱,光譜未見自由基與石墨烯碳原子形成化學鍵的證據,且300 K後因物種脫離表面造成振動吸收峯全數被肅清。上述照光後的熱脫附過程,質譜儀辨識出三種揮發產物:benzene、tert-butanol及isobutylene epoxide。我們認為(CH3)3CO・甲基有豐富的氫原子,使(CH3)3CO・自身及・C6H5可攫取到氫後生成醇及苯,失去氫的・CH2(CH3)2O・則構成環氧化物,此種歧化反應(disproportionation)機制可以合理地解釋實驗的發現。由於TBPB本身並不吸收365 nm的光子但石墨烯會,光激發的石墨烯將受激電子由上方導帶轉移到TBPB能階靠近的LUMO,而分子HOMO上的電子又恰回流到石墨烯價帶的電洞,於是構成了一條GR + hn → GR* + TBPB → GR + TBPB*淨能量轉移(energy transfer ET)之路徑,石墨烯扮演了光敏劑(photosensitizer)的角色。石墨烯在超高真空下雖無法與自由基反應,但此化學惰性賦予單層石墨烯擔當一種二維基質(matrix)的角色,便於取得在低溫孤立其上之不穩定化合物光譜,甚至進一步研究自由基受限於表面時的二維交互作用與反應。以上的洞識與體認雖與原初化學修飾的目的偏離,但擴大了石墨烯的化學意義與應用層次,結果已發表於皇家化學會期刊Chem. Commun.。
( 4 ) 未飽和碳氫中間體諸如:ethylidyne (≡C-CH2R)、vinyl (-CH=CHR)、vinylidene (=C=CHR)、acetylene (HC≡CR)、acetylide (-C≡CR)彼此間藉去氫、加氫和氫換位等等反應路徑而轉形是異相催化及表面化學關心的課題。相形之下,a-碳以氮原子取代的對照組:imido (≡N-CH2R)、imine (-NH=CHR)、azavinylidene (=N=CHR)、acimidoyl (HN≡CR)、nitrile (-N≡CR)相關研究卻少有報導,因此是可切入的方向。有機疊氮化合物(R'N3)與金屬中心作用會釋放N2及形成M≡N'R,於是我們以benzylazide (PhCH2N3)為起始物先低溫吸附在銅(111)單晶表面,變溫IR光譜在190-210 K及230-310 K呈現兩階段的變化,對應到兩種表面中間體存在。DFT cluster計算考慮上述各種形式物種,其中多核橋式鍵結的m3-imido (≡N-CH2Ph)與m2-azavinylidene (=N=CHPh)兩者震動頻率與實驗結果最吻合,熱脫附質譜又追蹤到終產物是benzonitrile (PhC≡N)與H2,推斷反應機構涉及N-N2裂鍵、二步進式b-H消去、N-C→N=C→N≡C混成態轉換等步驟,有相當豐富的化學資訊。成果發表在2013年J. Phys. Chem. C.。
( 5 ) 結合自組裝薄膜與AFM奈米顯影術,使用線型(linear)與髮夾型(hairpin, HP)DNA探針分子研究與標靶DNA的雜化反應(hybridization),發現反應前後因DNA構型轉變產生自組裝膜厚變化(Dh),並由AFM測量得知,進而推論髮夾型的探針分子配合修飾部分核苷酸單元成為鎖核酸(locked nucleic acid, LNA)對單一錯配(1MM)鹼基與完全互補(PC)的標靶DNA具有十分敏感的辨識能力(Dhpc/Dh1MM ~ 3)。成果發表在2010年Analytical Chemistry.。